Eine extrem seltene Krankheit ist die Haarzellleukämie-Variante, die vom klinischen Bild und der Immunologie der klassischen Haarzellleukämie sehr ähnlich bzw. identisch ist. Bei dieser Form, deren Zellen eine tatratresistente saure Phosphatase aufweisen können oder auch nicht, zeigt eine abweichende Morphologie. Die Kerne sind rund bis oval oder auch eingebuchtet. Sie sind mittelständig, das Zytoplasma ist viel schmäler als bei einer klassischen Haarzellleukämie. Zweikernige Zellen können auch bei der klassischen Haarzellleukämie vorkommen (Bild A, Pfeil). Diese Unterscheidung ist insofern wichtig, als dass die Variante gegen Interferon-a resistent ist und auf 2-CdA seltener anspricht und mit kurzen Remissionsdauern.